在别墅功能设计上，不仅取决于业主的喜好，还取决于业主对别墅的使用目的的界定。如果是日常居住，首先要考虑日常生活的功能，不能太艺术化、太乡村化，应多一些实用性功能。而如果只是度假用，则可以相对多元化一点。在平面功能分区上，可能会有健身房、娱乐房、洽谈室，客厅还可能有主、次、小客厅之分等。功能区域的设置，首先应依照居住者对别墅的使用方式来确定。其次，区别于其他类型的居住形式，别墅更强调室内的空间感、舒适程度。别墅的平面功能设置上，在保证卧室等一些私人空间的前提下，应把公共、娱乐及会客空间，分布于建筑各个层面
别墅的房间很多，如设计不当就会造成功能上的浪费，因此首先应该重点打造那些功能重复的房间。以卫生间为例，别墅卫生间一般有3-5个，在使用的功能划分上就比较细：主卧室的卫生间一般嵌在室内，而且面积较大，在设计时除了普通的便浴功能外，可更多地考虑享受，比如设置冲浪浴缸，甚至桑拿房等。次卧室的卫生间虽然也是嵌在室内，但一般用于客人或者亲戚居住，在功能的考虑上就可以不用如此复杂。而公共区域的独立卫生间，仅仅需要考虑普通功能即可。
另外，别墅中还存在一些彰显主人身份、品位、爱好的房间，也应该重点考虑比如地下会所，可根据主人情况的不同作不同考虑 
新农村别墅自建房的空间设计方面必要有独到之处。而在挑选房子时，卧室作为一个以休息功能为主的私人空间，更是人们考虑的重中之重。购置别墅就是想体验家庭的情趣空间，享受自然，有隐私权……在户型设计上应重点观察主卧的舒适和私密性。
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